Hallo Thore,
a) Die Kerzen kann man drin lassen, aber es geht wesentlich einfacher ohne Kerzen, weil man den Motor nicht gg. die Kompression drehen muss. Dreh sie einfach raus - dann kann man ja auch mal eben den Verschleiss prüfen...
b) Die Nockenwellenstellung ist für die Ventileinstellung vollkommen unerheblich, wenn Du Dich an den Markierungen von Kurbelwelle und Polrad orientierst. Eigentlich muss man aber auch das nicht - funktioniert auch, wenn man die Kurbelwelle so weit dreht, dass die Ventile geschlossen sind.